L'alternance adoptée dans les Maisons Familiales Rurales développe l'idée suivante :
c'est l'insertion d'un jeune dans son milieu de vie qui provoque souvent un éveil intellectuel et une motivation pour les études.

Alternative positive aux méthodes d'enseignement traditionnel, la pédagogie des Maisons familiales rurales repose sur un concept simple mais efficace :
les jeunes enchaînent deux semaines en entreprise après une semaine ou deux passées à la Maison familiale.Ce rythme peut changer selon les périodes de l'année et les formations suivies.
Ces deux temps forts autour desquels la formation prend tout son sens ne sont pas séparés l'un de l'autre, bien au contraire. Le va-et-vient pédagogique est permanent. L'élève revient de stage en faisant part à son formateur des situations qu'il vient de vivre en entreprise. Il lui pose des questions, revient sur ses travaux.

Le formateur dispense son cours en intégrant ces données.